Pengelolaan wakaf di Indonesia telah di atur oleh pemerintah dalam undang-undangnya tentang wakaf dan peraturan pemerintahan sebagai pelaksananya. Di Indonesia sendiri telah mempunyai lembaga yang mengatur dalam pengembangan dan pemeliharaan wakaf. Semua tergabung dalam Badan Wakaf Indonesia. Lembaga ini independent tetapi mempunyai peran yang strategis dalam membantu baik pengaturan wakaf, pengembangan wakaf, pembinaan wakaf, pengawasan wakaf dan lainnya.
Dalam hal pengelolaan kualitas yang dibutuhkan seorang nazhir tidak boleh main-main. Tentu saja supaya tidak menimbulkan masalah yang terjadi mengenai wakaf. Lalu problem apa saja yang sering terjadi di lembaga pengelolaan wakaf di Indonesia? Berikut contohnya:
1. Pemahaman lama sebagian umat islam dalam mengelola wakaf, ada yang beranggapan bahwa wakaf itu tidak boleh dirubah seperti apapun. Nah, hal seperti itu dapat menjadi masalah karena pada dasarnya tujuan untuk memproduktifkan wakaf supaya dapat mengatasi masalah sosial di masyarakat ini.
2. Keadaan geografis Indonesia yang menjadi faktor terhambatnya sosialisasi mengenai pemanfaatan wakaf dengan baik supaya produktif. Ini merupakan problem yang harus segera dipecahkan, kurangnya pengetahuan masyarakat mengenai pemberdayaan wakaf sangat berpengaruh bagi pertumbuhan kesejahteraan umum.
3. Kurangnya kesinergian pemerintah pusat dan pengelola daerah dalam merencanakan strategi yang dapat mengembangkan wakaf untuk mencapai keuntungan bersama.
4. Kemampuan lembaga pengelola wakaf yang kurang kompeten dapat menjadi kendala. Ini menyebabkan minimnya kompetensi yang dimiliki sehingga berakibat pada pemanfaatan wakaf yang sangat kurang berkembang di masyarakat.
5. Masih lemahnya kemitraan kerjasama yang baik antar elemen. Misalnya yang berada di daerah-daerah seperti menyangkut tokoh agama, sampai dengan aparat pemerintah yang kurang menyatu. Visi dan misi yang sama dalam mengelola wakaf pasti akan berdampak baik juga pada hasil bagi masyarakat.
6. Kurangnya promotor dari umat islam dalam membuka kerjasama atau akses keluar negeri. Padahal banyak sekali kekayaan wakaf yang dimiliki Indonesia untuk dapat dimanfaatkan supaya lebih produktif dan melibatkan investor-investor luar negeri dalam pengembangannya.
Itulah beberapa problematika yang sering dihadapi dalam pengelolaan wakaf. Memang dalam meningkatkan produktivitas wakaf di Indonesia ini masih sangat kurang. Jika lembaga pengelola wakaf pangan di Indonesia dapat mengembangkan dengan baik. Pasti warga masyarakat tidak akan ada lagi yang merasa kekurangan dalam pemenuhan makanan. Tidak bisa menyalahkan satu dengan yang lainnya karena semua sudah ada aturan dan hukumnya.
Sebenarnya untuk pengelolaan wakaf yang baik telah di contohkan oleh para sahabat nabi, profesionalitas dari berbagai pengelola menjadi tolak ukur berhasil atau tidaknya pemanfaatan kekayaan wakaf. Wakaf yang produktif seharusnya dapat menjadi pemikiran bersama semua elemen sampai lembaga yang berwenang. Pertumbuhan sektor ekonomi masyarakat juga dapat dibantu dengan adanya pemeliharaan dan pengolahan yang baik terhadap kekayaan wakaf.